Medici convenzionati: chiarimenti su fatturazione elettronica e obblighi certificativi

La Risposta n. 132/2025 dell'Agenzia delle Entrate fornisce chiarimenti sugli obblighi certificativi dei compensi corrisposti ai medici in convenzione con il Servizio Sanitario Nazionale (SSN), con un focus specifico sui soggetti aderenti al regime forfettario, alla luce delle novità normative introdotte dal D.lgs. 1/2024.

Il caso esaminato dall'Amministrazione finanziaria riguarda la modalità di certificazione dei compensi erogati ai medici di medicina generale (MMG), ai medici di continuità assistenziale con rapporto di lavoro a tempo determinato (MCA) e ai pediatri di libera scelta (PLS) che operano in regime di convenzione con il Servizio Sanitario Nazionale (SSN). Per tali rapporti, l'art. 2 del DM 31 ottobre 1974 prevede che "il foglio di liquidazione dei corrispettivi compilato dagli enti mutualistici tiene luogo della fattura di cui all'art. 21 del d.P.R. n. 633/1972". Tale documento, che deve contenere tutti gli elementi previsti dall'art. 21 del decreto IVA (DPR 633/72), esonera i medici convenzionati dall'emissione della fattura.

Dal 1° gennaio 2024, è obbligatoria la fatturazione elettronica anche per i soggetti in regime forfettario (art. 18 c. 2-3 DL 36/2022). Inoltre, l'art. 3 D.Lgs 1/2024 ha aggiunto il comma 6-septies all'art. 4 DPR 322/1998, esonerando tali soggetti dall'emissione della Certificazione Unica (CU) a partire dall'anno d'imposta 2024.

L'Agenzia delle Entrate aveva già chiarito con la risoluzione 98/E/2015 che le disposizioni del DM 31 ottobre 1974 restano valide anche per la fatturazione elettronica, ribadendo che non è stata creata una nuova categoria di fattura. L'obbligo di emettere una fattura non è stato modificato dal DM 55/2013. La risposta all'interpello n. 558 del 2021 ha confermato che, per i medici di continuità assistenziale, il foglio di liquidazione dei corrispettivi compilato dall'azienda sanitaria sostituisce la fattura, indipendentemente dal regime fiscale applicato.

Venendo al quesito più recente, l'azienda sanitaria istante ha chiesto all'Amministrazione finanziaria se, alla luce delle nuove disposizioni, fosse corretto non emettere la Certificazione Unica (CU) nei confronti dei medici convenzionati in regime forfetario.

L'Agenzia delle Entrate, nella risposta n. 132/2025, ha chiarito che l'esonero dall'emissione della CU previsto dal comma 6-septies dell'art. 4 del DPR 322/1998 trova giustificazione nel fatto che le informazioni reddituali relative ai contribuenti forfettari sono comunque reperibili attraverso il sistema di fatturazione elettronica.

Come precisato dalla circolare 8/E del 2024: "Con l'inserimento del comma 6-septies nell'articolo 4 del DPR n. 322 del 1998, è previsto, a decorrere dall'anno d'imposta 2024, che i committenti dei predetti contribuenti siano esonerati dagli adempimenti in materia di certificazione unica di cui ai commi 6-ter, 6-quater e 6-quinquies dello stesso articolo".

In sostanza, questo esonero riguarda il rilascio ai percipienti e la trasmissione del file telematico all'Agenzia delle Entrate della CU, attestante l'ammontare complessivo delle somme e dei valori corrisposti, delle ritenute operate, delle detrazioni di imposta effettuate e dei contributi previdenziali e assistenziali.

La novità mira alla semplificazione degli adempimenti, estendendo l'obbligo di fatturazione elettronica a tutte le partite IVA. Questo obbligo decade poiché i dati dei compensi sono disponibili automaticamente negli archivi dell'Agenzia delle Entrate.

Tuttavia, per i medici convenzionati con il SSN, le disposizioni dell'art. 2 del DM 31 ottobre 1974 rimangono in vigore, esonerandoli dall'obbligo di fatturazione elettronica. Il foglio di liquidazione rilasciato dall'azienda sanitaria "tiene luogo della fattura".

L'esonero dalla fatturazione elettronica è fondamentale per l'applicazione del comma 6-septies dell'art. 4 DPR 322/1998. Senza questa esenzione, le aziende sanitarie devono continuare a emettere i fogli di liquidazione per i medici convenzionati e rispettare l'emissione della CU.

In merito alla compilazione della Certificazione Unica Lavoro Autonomo 2025 relativa ai compensi corrisposti nel 2024, l'Agenzia delle Entrate ha confermato la correttezza della soluzione prospettata dall'istante. Tale soluzione prevede:

• l'indicazione dei compensi al punto 7 del modello di certificazione;
• l'esposizione al punto 6 del codice 25, istituito per indicare le somme corrisposte ai soggetti aderenti al regime forfetario che non richiedono il rilascio di una fattura elettronica;
• l'indicazione al punto 8 della differenza tra l'ammontare lordo (punto 4) e le somme non soggette a ritenuta (punto 7).

In considerazione dell'incertezza interpretativa dovuta al mancato coordinamento delle disposizioni normative, l'Agenzia delle Entrate ha precisato che le strutture preposte al controllo valuteranno la disapplicazione delle sanzioni in caso di invio tardivo delle Certificazioni Uniche relative al periodo d'imposta 2024, ovvero di invio di Certificazioni a rettifica di quelle già inviate.